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一. 促进和支持消化内镜学这门新兴及交义学科的进步和发展，使全国人民的健康受益。同时作为一个主要核心来引导本学科学术水平和操作技术的提高及规范化，使全国的消化内镜医生受益。 全国各地的中华消化内镜学分会的委员们经常积极活跃地参与国内各省市及国际的各项学术活动。国内的学术活动包括：
(1). 在全国各大城市的知名医院建立消化内镜培训中心：例如北京友谊医院内镜培训中心、北京协和医院内镜培训中心、武汉同济医科大学内镜培训中心、上海长海医院内镜培训中心等。这些培训中心每年定期举办消化内镜学习班，面向全国各地的基层招收学员，向他们传授当前国际及国内最先进的消化内镜技术，使全国消化内镜的整体技术水平获得提高。
(2). 定期在全国各地区举办消化内镜专题研讨会，手把手内镜操作培训班等以促进各种消化内镜新技术的开展及治疗内镜技术水平的提高：例如自 1996 年开始每年定期轮流在全国各大城市举办超声内镜研讨会，邀请当今世界知名专家来华做有关超声内镜的学术报告及现场操作表演，并手把手地培训我国的年青专家 , 迄今己在北京、上海、杭州、广州、南京、西安等地举办了七届超声内镜研讨会 , 大大地促进了超声内镜这门新技术在我国的普及开展和提高。
(3). 统一及规范各种消化内镜的诊断标准及治疗技术，制定消化内镜学的统一名词术语集：根据卫生部的统一规定，中华消化内镜分会己编写了消化内镜诊治规范; 先后编写了两本消化内镜名词术语集; 1998年在烟台举行座谈会制定了反流性食管炎的诊断标准及治疗规范; 2000年在昆明召开座谈会制定了全国食管静脉曲张分级及治疗暂行标准; 2003年7月拟在大连召开全国慢性胃炎诊断与治疗座谈会，会上将制定全国慢性胃炎的内镜下分型及分级，以及治疗的指导意见。2003年10月准备在济南召开全国食管炎、Barrett’s食管诊断标准修改座谈会。以上这些工作对促进消化内镜这门新兴学科的诊疗规范化及学术水平的提高起到了巨大的推动作用。
(4).与相关学科联合举办具有共同基础、近似领域、相互关连及彼此促进的大型学术会议，以达到互相学习，取长补短，共同提高的目的; 同时与国际相关的学术组织达到了接轨。例如：与中华消化病学会及中华肝病学会合作，于1997年10月在北京成功地举办了第一届DDW-China学术大会 ( 中国消化系疾病学术周 ),其中包含了一项由世界消化病组织OMGE举办的国际胃肠道肿瘤研讨会;此次会议取得了巨大成功，也为中华消化内镜学分会进入国际相关学术组织及走向世界奠定了基础。第一届DDW-China学术大会的参会代表达1700余人，每次在消化内镜演示分会场的参加人数超过500名。第二届DDW-China 学术大会于2001年11月在上海举办，参会人数也达1500名，取得了巨大成功。
二. 中华消化内镜学分会的另一项主要宗旨为在国际上建立广泛的学术交流及联系,促使中华消化内镜学分会走向世界。
(1). 由于消化内镜学是一门操作技术性很强的学科,中华消化内镜学分会建立的早期阶段国内治疗消化内镜的水平与国际相比尚有相当差距;为了缩短差距，早日赶上世界先进国家消化内镜的水平，中华消化内镜学分会自成立后即与香港消化内镜学会建立了紧密的合作关系。自1990年起，中华消化内镜学分会与香港消化内镜学会合作，每两年联合举办一次国际治疗内镜及胃肠病学术研讨会;迄今己在北京、上海、南京、广州、沈阳、西安等地举办了七届。这种形式的国际性学术会议，尤其是以内镜操作和示范表演为核心的会议内容，是促进中华消化内镜学分会与国际同行们进行学术交流的最佳方式;也是中国消化内镜学术界尤其是青年工作者向国际知名专家学习的好机会;使得耒自澳洲、中国大陆、香港、法国、德国、西班牙、英国及美国的消化内镜精英们能够在中国汇聚一堂，切磋技艺，相互学习，共同提高。事实证明这类国际性会议反过来又促进了中国国内消化内镜学术水平的进步和提高;前三届国际会议的内镜操作示范表演者几乎均为国外专家，伴随着时代的前进及中国消化内镜事业的发展和进步，在舞台上进行示范操作表演的中国年青学者也逐年增多，后四届国际治疗内镜研讨会中进行操作示范表演者的大部分均为中国的青年专家和学者，甚至有的中国青年专家受到香港消化内镜学会的邀请，赴香港进行表演。
(2). 中华消化内镜学分会与日本消化内镜学会也开展了紧密的合作。1999年在中国沈阳举办了第一届中日双边消化内镜及胃肠病学术研讨会，参会代表约800名，其中日方代表80名,会议内容除学术报告外，尚有现场操作示范表演;会议取得了园满成功，既交流了中日双方在消化内镜学术领域中的成就和经验，更增进了中日两国消化内镜工作者的深厚友谊。会后中日双方约定今后每两年一次在中国和日本轮流举办;并一致推选于中麟与藤田力也分别担任中日双方的主席，张齐联与佐竹仪治为中日双方的秘书长, 陆星华与中岛正继为中日双方的科学委员。2001年5月第二届中日双边消化内镜及胃肠病学术研讨会在日本神户举办，中方代表60多名赴日本参会，其中包括了中华消化内镜学分会的全体委员，及部分中华医学会的领导成员，会议同样取得了巨大成功。第三届中日双边消化内镜及胃肠病学术研讨会预订于2003年9月 16-19日在中国美丽的桂林市举办，中日双方组委会成员于2002年9月在中国西安市召开了第一次筹备会议，双方共同商讨了此次会议的主要学术内容，并决定此次会议主要以中日双方的青年学者为主，并以学术报告及录相讨论的方式进行中日双边学术交流。但是由于2003年5月份传染性非典型性肺炎在中国的流行及发展形势，中日双方组委会决定此次会议延期召开。
此外，各省市地方消化内镜分会也与相关的日本地方消化内镜学术组织建立中日双边学术交流活动，例如北京医学会消化内镜分会与日本京都第二赤十字病院合作，自 1996年开始每年三月在北京举办中日消化内镜座谈会，迄今己举办七届;自2000年开始每年11月在北京举办中日早期消化管癌诊治座谈会迄今己举办三届，对交流中日两国学者诊治消化管早期癌的经验取得很大的推动作用。